在1月9日舉行的國家科學技術獎勵大會上，以中國農業科學院及所屬單位為第一完成單位的6項成果榮獲2016年度國家科學技術進步二等獎，1個科研團隊獲國家科技進步獎創新團隊。

中國農科院作物科學研究所小麥種質資源與遺傳改良創新團隊獲國家科技進步獎創新團隊，植物保護研究所鄭永權研究員主持完成的農藥高效低風險技術體系創建與應用、北京畜牧獸醫研究所文杰研究員主持完成的節糧優質抗病黃羽肉雞新品種培育與應用、農業資源與農業區劃研究所周衛研究員主持完成的南方低產水稻土改良與地力提升關鍵技術、棉花研究所嚴根土研究員主持完成的多抗穩產棉花新品種中棉所49的選育技術及應用、油料作物研究所黃鳳洪研究員主持完成的油料功能脂質高效制備關鍵技術與產品創制、蘭州獸醫研究所才學鵬研究員主持完成的針對新傳入我國口蹄疫流行毒株的高效疫苗的研制和應用6項成果分別榮獲國家科技進步獎二等獎。

此外，以中國農科院及所屬機構作為參與單位還獲得多項國家科學技術獎。植保所參與完成的“水稻條紋葉枯病和黑條矮縮病災變規律與綠色防控技術”、資劃所參與完成的“國產陸地衛星定量遙感關鍵技術及應用”2項成果，分別獲得了國家科技進步二等獎。作科所參與完成的“玉米重要營養品質優良基因發掘與分子育種應用”成果獲國家技術發明二等獎。