《指南》稱，嚴控氮、磷肥產能盲目擴張，鼓勵復混肥、專用肥和緩控釋肥、生物肥、全水溶性肥料、液體肥料以及利用中低品位磷礦生產的新型肥料， 適度發展硝基肥料等多元肥料。鼓勵發展資源節約、環境友好的農藥新品種、新制劑、專用中間體、助劑以及清潔生產工藝和關鍵技術。

　　“十二五”期間將鼓勵發展大顆粒尿素，積極研發和推廣新型煤氣化、凈化和合成技術，減少對無煙塊煤和天然氣的過度依賴，5年內氮肥凈增產能控制在100萬噸左右； 將支持中低品位磷礦精選和利用技術，磷礦伴生資源綜合利用技術、磷石膏綜合利用技術、濕法磷酸凈化技術等，2015年行業前十家企業的產量占總產量的60%，磷酸企業由90家減到50家，濕法磷酸凈化替代熱法磷酸150萬噸，磷石膏利用率達到40%；鉀肥重點增加鉀肥產量，加大海水提鉀和不溶性鉀資源開發，建立國家鉀肥儲備制度。